1.調節腸道內的菌叢生態
益生菌最大的功能就是「菌種平衡」，由於腸道內的空間有限，增加更多益生菌，佔據腸內空間，便能讓壞菌缺乏立足之地。因此，讓益生菌佔有腸道大部分空間時，腸道就可以良好運作，諸多腸胃狀況自然迎刃而解。
2.強化腸道的體質與健康
活化腸道內的益菌，經研究證實，LGG菌、C菌、B菌都能夠改善腸胃相關的症狀，如急性腸胃炎、腹瀉、發炎性腸病（如克隆氏症、潰瘍性大腸炎）、 脹氣、便秘、嬰兒的腸絞痛等症狀。
3.促進腸胃消化順暢
益生菌會與壞菌競爭腸道內的養分與生存空間，藉由增加益生菌，降低壞菌比例，幫助腸道機能運作順暢。益生菌還能促使腸壁細胞分泌黏液及黏蛋白，發揮整腸作用，幫助消化食物。
4.提升身體免疫系統
經研究證實，益生菌可有效抑制負責過敏反應的T2細胞，讓人體不會對過敏原產生過度反應，尤其針對異位性皮膚炎及慢性鼻竇炎有實質幫助。
關於益生菌的相關研究越來越多，益生菌的應用方式也隨之增加。不僅益生菌，科學家也發現藉透過益生質給予養分，能幫助益生菌生長，由此看來，更讓人期待益生菌對人體的幫助。
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